Wie sehr sich die scholastischen Theologen um die Schärfung des Denkens verdient gemacht haben, zeigt der so genannte Universalienstreit, der nie beendet worden ist und noch heute keine endgültige Lösung gefunden hat. Es handelt sich um die Frage, ob Allgemeinbegriffe (Universalien) nur in Gedanken existieren oder ob sie substanzielle Seinseinheiten (Entitäten) sind. Dabei wurde um die aristotelische »zweite Substanz« gestritten, nämlich um den »artbildenden Unterschied« (Definition). Die Nominalisten vertraten die Position, dass die Universalien nur voces (Namen) von wirklich Seiendem seien, das heißt eine Art Abstraktion des Denkens aus den erfahrenen Dingen (universalia post rem ). Die radikalen Realisten vertraten die Position Platons, dass die Universalien tatsächlich als Seinseinheiten, als substanzielles Dasein, völlig unabhängig von erscheinenden Einzeldingen, existierten, wie die platonischen Ideen (universalia ante rem ). Die gemäßigten Realisten schließlich vertraten die Auffassung, dass die Universalien an und in den Dingen existierten und vom Denken erfasst werden könnten und deshalb objektive Gültigkeit besäßen (universalia in re ). Der Universalienstreit zeigt, dass sich das scholastische Denken gegenüber rein theologischen Themen verselbstständigte.