Der aus dem Griechischen stammende Begriff beschreibt die kleine Welt im Gegensatz zum Makrokosmos. Er wird immer dann verwendet, wenn kleine Dimensionen beschrieben werden. In der griechischen Philosophie erhielt das Begriffspaar Mikrokosmos – Makrokosmos seinen Stellenwert aus der Idee eines sinnvoll geordneten Universums, in dem der Mikrokosmos einen strukturgleichen Teil des Makrokosmos bildet. Setzt man eine solche Mikrokosmos-Makrokosmos-Beziehung voraus, wäre man in der Lage, Erkenntnisse aus einem Teilbereich auf das ganze Universum zu übertragen. Oft wurde der Mensch als Mikrokosmos betrachtet.

In der modernen Wissenschaftssprache erhielt der Begriff besondere Bedeutung im Zusammenhang mit den Ergebnissen der Atomphysik Plancks und der Quantenmechanik Heisenbergs. Mikrokosmos beschreibt dort den Bereich der Forschung, dessen Inhalte sich der direkten Erfahrung entziehen, da sie die Feinstruktur des Materieaufbaus betreffen. Sie können nur mit technischen Hilfsmitteln untersucht werden (z. B.: Untersuchungen am Atomkern).