Bezeichnet die gesamte Entwicklung des Einzellebewesens von der befruchteten Eizelle (oder anderen Fortpflanzungskörpern) bis zum fortpflanzungsfähigen Organismus. Dabei wird zwischen quantitativen Veränderungen (Wachstum) und qualitativen Veränderungen (Differenzierung, Entstehen neuer Organfunktionen etc.) unterschieden. Die Ontogenese wird sowohl durch interne Eigenschaften des Organismus (genetischer Code) als auch durch die einwirkenden Umweltfaktoren bestimmt. Weil das Individuum ab einem bestimmten Stadium in steigendem Maße auf seine Umwelt reagiert und Verhaltensformen ausprägt, die durch die Anpassung und Auseinandersetzung mit den Umwelteinflüssen zustande gekommen sind, kann – insbesondere bei sehr komplexen Lebewesen – ab einer gewissen Entwicklungsstufe keine absolute Trennung zwischen äußeren und inneren Entwicklungseinflüssen mehr vorgenommen werden. Von der Ontogenese wird die Phylogenese unterschieden, die nicht nur das einzelne Individuum, sondern die Entwicklung einer ganzen Art umfasst.